Um den 1980 geschaffenen Naturpark Obere Donau besser mit der Bahn zu erschließen wurde der Naturpark-Express auf eine Initiative des Bundes für Umwelt und Naturschutz Deutschland, der Nahverkehrsgesellschaft Baden-Württemberg, der Landkreise Tuttlingen und Sigmaringen, der Deutschen Bahn sowie der HzL 1984 eingerichtet. Zunächst verkehrte er nur an maximal vier Sonntagen im Jahr und zwischen Sigmaringen und Tuttlingen. Nach der Reaktivierung des Wutachtalbahn-Abschnittes zwischen Immendingen und Blumberg im Dezember 2004 verkehrt der Zug seit 2005 über Tuttlingen hinaus bis Blumberg. Heute fährt der Naturpark-Express an allen Sams- und Sonntagen, sowie an den Feiertagen von Mai bis Oktober. Zum Einsatz kommen Triebwagen vom Typ Ne 81 und ein aus einem D-Zug Postwagen umgebauter Fahrradtransportwagen. (Stand 2013).

12. September 2010:
Auf der Fahrt nach Sigmaringen überquert der Zug die Donau zwischen Beuron und Hausen im Tal (KBS 755) und wird gleich im Käpfle-Tunnel verschwinden.

14. Mai 2011:
An diesem Tag habe ich mich entschlossen, den Naturpark-Express zu fotografiern. Der Zug bestand aus VT 41 und 42, sowie dem umbebauten Postwagen.
Das Bild zeigt den Zug auf der Fahrt nach Tuttlingen.

14. Mai 2011:
Die Burg Werenwag und der alte Wasserturm in Hausen im Tal geben auch ein gutes Motiv ab. Der NPE kommt aus Tuttlingen zurück, und fährt in den Bahnhof Hausen ein.

14. Mai 2011:
Im Bahnhof Hausen wartet der Naturpark-Express auf einen Gegenzug.

14. Mai 2011:
Der IRE 3220 (611 033 und 048) kommt kurz darauf angebrummelt und fährt ohne Halt durch.

14. Mai 2011:
Nun ist die Strecke wieder frei, und die beiden NE81 können Hausen in Richtung Sigmaringen verlassen.

14. Mai 2011:
An Samstagen fährt der NPE nicht weiter nach Gammertingen, deshalb hat er in Sigmaringen eine recht lange "Mittagspause".

14. Mai 2011:
Die Mittagsruhe ist vorbei, und der NPE fährt wieder Richtung Tuttlingen und weiter nach Blumberg-Zollhaus. Dieses Bild entstand kurz nach dem Verlassen des Bahnhofs Fridingen.

14. Mai 2011:
Zum Schluß des Tages noch ein Bild von der Rückfahrt aus Blumberg-Zollhaus, welches zwischen Immendingen und Tuttlingen entstanden ist.

24. August 2013:
VT 43 und 41 sind als Naturpark-Express zwischen Riedöschingen und Blumberg-Zollhaus unterwegs.

7. Oktober 2017:
Vom "Gespaltenen Fels" (bei Laiz, 675 m ü.N.N.) hat man noch einen einigermaßen guten Blick auf die Donautalbahn. Hier ist der Naturparkexpress, welcher von Tuttlingen nach Sigmaringen unterwegs war, zu sehen.